Los reinos de la naturaleza han evolucionado desde su primera aparición en manos de Aristóteles hasta Woeese y Cavalier y Smith se han cambiados los paradigmas de acuerdo a los nuevos descubrimientos de las ciencias en cuanto a la morfología, la anatomía y la genética.

En 1990 el microbiologo estadounidense Carl Woese de la UNiversidad de Illinois, propuso un nuevo sistema taxonomico con tres grandes grupos de organismos mayores que los reinos llamados "Dominios" Bacteria (Bacterias y alga verdeazuladas) Archae (Arqueobacterias) y Eukarya (Protista, Fungi, Plantae y Animalia). Los dominios han sido establecidos por comparaciones del genoma, la estructura bioquímica de la membrana pero sobre todo de la secuencia del ARN ribosomico ya que es una estructura muy estable que funciona muy bien para establecer las relaciones evolutivas entre los grupos de organismos.

Según este sistema en un extremo de la escala taxonómica se encuentra la especie y en el otro el Dominio, en la siguiente sucesión: Especie, Género, Familia, Orden, Clase, Tipo (en latín Phylum; Phyla en plural), Reino y Dominio. En Botánica no se usa la categoría Phylum, sino División. 

En los dominios Bacteria y Archaea se incluyen los organismos procariontes, casi todos unicelulares, morfologicamente sencillos y aparentemente poco diversos, pero con una gran variedad de metabolismos. Todos los organismos eucariontes pertencen al dominio Eukarya que incluyen los reinos Protistas, Fungi, Plantae y Animalia.