El Imposible conserva la mayor diversidad de flora y fauna de El Salvador. Alberga nuevas especies de árboles para la ciencia y fauna, específicamente de aves y mariposas.  Es el último refugio de animales que se encuentran en peligro de extinción en el país.

ÁRBOLES Y PLANTAS

Árboles de exuberante copa y sobresaliente altura forman el escenario del bosque y son encontrados fácilmente por el turista:

El volador (Terminalia oblonga)

Jiote (Bursera simaruba)

El mulo (Licania retifolia)

Conacaste (Enterolobium cyclocarpum)

Ceiba (Ceiba pentandra)

Caoba (Swietenia macrophylla)

El belloto (Quercus skinneri)

La ciencia ha descubierto en El Imposible a 984 especies de plantas vasculares y más de 2 especies de líquenes que enriquecen el patrimonio natural de El Salvador:

Árbol siete camisas (Guapira witsbergeri)

Guaquito de tierra (Aristolochia salvadorensis)

Hierba Ageratum salvanaturae, nombre en honor a SalvaNATURA

Otras Especies de uso medicinal, material y alimenticio (Etnobotánico) se encuentran en el Parque:

Ojushte (Brosimun alicastrum): es sustituto del maíz

Copinol (Hymenaea courbaril): sirve para fabricar artesanías

Helecho calahuala Polypodium sp.: es medicinal.

RÍOS

Los ríos de El Imposible son fuente de agua para la vida y las actividades económicas de las comunidades cercanas (agricultura, pesca, ganadería y turismo). Alimentan con su agua dulce a la Barra de Santiago, con lo que se forma la Cuenca del mismo nombre. El bosque funciona como una esponja absorbente que mantiene caudales óptimos, aún en la estación seca, por lo que se puede decir que El Imposible proporciona servicios ambientales para generar vida fuera de sus propios límites físicos. Estos Ríos son: San Francisco Menéndez, El Corozo, Jencho, Mixtepe, Maishtapula, Izcanal, Ahuachapío y Guayapa, hasta llegar, 1 Km fuera del parque, al Río El Naranjo. El río San Francisco Menéndez no nace al interior de El Imposible, pero la mayor parte de su caudal está en él.

El suelo de estos ríos sufre bastante movimiento tectónico, lo que permite ver rocas fracturadas, paredones, lechos con cambios abruptos en dirección y pendiente, cataratas de aventura, chorros y pozas de agua clara, ideales para la aventura turística.

PECES, ANFIBIOS Y REPTILES

13 especies de peces, 4 especies de sapos y 7 ranas, 19 especies de lagartijas, 24 serpientes y 1 tortuga.

Tepemechín (Agonostomus monticula) pez que vive y se observa en los depósitos del Río Guayapa, y que su presencia indica que hay oxigenación en el agua de los ríos.

Rana arborícola de ojos negros (Agalychnis moreletii): única especie salvadoreña considerada en peligro de extinción a nivel mundial y que habita en El Imposible.

Culebrina de Taylor (Oedipina taylori): salamandra reportada entre los anfibios del Parque

Culebra timbo (Atropoides nummifer)

Culebra Cascabel (Crotalus simus)

Culebra Coral (Micrurus nigrocinctus)

Culebra Falsa coral roja (Lampropeltis triangulum)

Iguana verde (Iguana iguana)

Tortuga candado (Kinosternon scorpioides)

AVES

Estudiadas por el Proyecto Monitoreo de Aves del Programa de Ciencias de SalvaNATURA. El Parque cuenta con rutas de observación de aves para aficionados o expertos en este tema. Cuenta con 286 especies registradas, entre 65 migratorias y 61 visitantes irregulares, y algunas son restringidas a El Imposible:

Pavo cobolito (Penélope purpurascens)

Aguililla blanca (Leucopternis albicollis)

Cigüeña americana (Mycteria americana)

Águila pescadora (Pandion haliaetus)

Rey zope (Sarcoramphus papa)

Talapo (Momotus momota)

Torogoz  (Eumomota superciliosa)

El Pajuil (Crax rubra)

MAMIFEROS

Pezotes (Nasua Larica)

Cuches de monte (Tayassu tajacu)

Venados cola blanca (Odocoileus virginianus)

Cotuzas (Dasyprocta punctata)

Tepezcuintles (Agouti paca)

Oso hormiguero (Tamandua mexicana)

Tigrillo (Leopardos wiedii) y el ocelote (L. pardalis)

Jabalí de collar (Tayasu tajacu)

Nutria (Lutra longicaudis)

Puerco espín (Coendou mexicanus)

Para observarlos se requiere que los turistas caminen en silencio por los senderos, con grandes dosis de paciencia y mucha curiosidad, ya  que los animales perciben el ruido, el aroma y la presencia de seres humanos, y huyen a refugiarse en lugares más escondidos del bosque.

Los turistas que se dirigen en grupos pequeños y que atienden las sugerencias de los guías de turismo  observan frecuentemente animales y llevan sus registros a través de fotografías, obteniendo un mejor acercamiento a la riqueza biológica de El Imposible.